З Nature відкликали статтю про мутації, які спричиняє CRISPR

З Nature відкликали статтю про мутації, які спричиняє CRISPR

Автори публікації про те, що технологія редагування генів CRISPR зумовлює тисячі небажаних побічних мутацій, визнали, що їхні висновки могли бути хибними.

Через рік після публікації резонансну статтю «Непередбачені мутації після редагування CRISPR–Cas9» (Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo) було відкликано з журналу Nature Methods.

Результати дослідження, опубліковані у травні 2017 р. спричинили серйозний скандал. Причому на авторів статті напосілася не лише міжнародна наукова спільнота, а й великі біотехнологічні компанії. Зокрема, із гнівними листами на адресу редакції Nature Methods звернулися представники Intellia Therapeutics і Editas Medicine, вартість акцій яких різко впала після виходу публікації. Критика переважно стосувалася методології дослідження.

Злощасні миші

У бактерій система CRISPR/Cas9 відіграє роль такого собі противірусного імунітету, який виявляє вбудовані в ДНК вірусні гени й точково усуває їх. Також за допомогою цієї системи можна оперативно вносити «правки» в конкретні ділянки геному будь-якої клітини. Однак експерименти, проведені після відкриття CRISPR/Cas9, показали, що редагування геному дає і побічні ефекти – наприклад, зачіпає ті ділянки, які не планували змінювати, і спричиняє непередбачені вченими мутації.

За попередніми оцінками фахівців, таких небажаних змін було небагато, проте група науковців зі Стенфордського і Колумбійського університетів (США) вирішила дослідити це явище ретельніше. Так з’явилася скандальна стаття «Непередбачені мутації після редагування CRISPR–Cas9».

З Nature відкликали статтю про мутації, які спричиняє CRISPR

Недовірливі дослідники, щоб мати більш точні уявлення про наслідки «правки» частин геному, взяли двох лабораторних мишей, у яких раніше вилікували генетичну мутацію, що призводила до сліпоти, за допомогою системи CRISPR/Cas9. За «контрольну групу» використали ДНК іншої миші – «невідредагованої».

Повногеномний аналіз, який врахував усі зміни, спричинені застосуванням CRISPR, виявив понад 1 397 однонуклеотидних мутацій у геномах кожної з двох «виправлених» мишей і 117 великих мутацій типу інсерцій і делецій.

«Дослідники, які не використовують повногеномний аналіз для пошуку нецільових ефектів, можуть прогледіти потенційно важливі мутації. Зміна навіть одного нуклеотиду може мати неабиякі наслідки», – прокоментував тоді дослідження один зі співавторів публікації Стівен Цзен.

Чи такий вже страшний CRISPR

Поява цієї статті в Nature Methods призвела до справжньої паніки. Причому одним з її наслідків стали відчутні для вчених обмеження на експерименти із системою редагування геному.

Представники світової наукової спільноти та експерти біотехнологічних компаній звинуватили авторів дослідження в тому, що вони полінувалися секвенувати геном батьків тих самих «відредагованих» мишей. Цей додатковий аналіз нібито допоміг би з більшою точністю визначити реальний вплив CRISPR/Cas9 на виявлені генетичні відмінності.

Також, на думку численних критиків, деякі з описаних ученими Стенфордського і Колумбійського університетів мутацій просто не могли бути наслідком редагування геному, оскільки такі зміни в принципі «поза можливостями» CRISPR.

З Nature відкликали статтю про мутації, які спричиняє CRISPR

Дорікали науковцям і щодо мізерної кількості піддослідних тварин – їх явно було недостатньо для таких радикальних і серйозних висновків.

Один зі співавторів листа в Nature Methods – професор генетики Гарвардського університету (США), співзасновник Wyss Institute for Biologically Inspired Engineering, керівник проекту Personal Genome Джордж Черч – відкрито заявив тоді, що публікацію варто відкликати або хоча б супроводити коментарем про важливі невраховані проблеми.

Підсумком ретельної внутрішньої перевірки Nature Methods став висновок про недостатню кількість даних, якими автори статті підкріплювали свою теорію про величезні мутаційні ризики використання CRISPR/Cas9. Крім того, група дослідників, чия робота так обурила наукову спільноту, не змогла повторно домогтися таких самих результатів. І через майже рік публікацію нарешті відкликали.

Тільки двоє з шести авторів відкликаної статті погодилися з таким рішенням. У своїй новій публікації група вчених визнає, що висновки з їхнього дослідження 2017 р. були хибними, і повідомляє, що, незважаючи на відкликання статті, продовжить дослідження в цьому напрямку.



Leave a Reply